Les stromatolithes sont normalement immergés, mais le lac est en basses eaux.Ces biostructures sont construites par l'activité de cyanobacteries dans des eaux calmes, et saturées en sels minéraux qui sont piégés par le biofilm bactérien. Les stromatolithes sont des formes de vie très ancienne (3,5 milliards d'années) qui ne persistent aujourd'hui que très localement: le Thetys Lake est un des rares sites connus. La concurrence avec les algues et la prédation ont entraînés la quasi disparition des stromatolithes lors du Cambrien (- 500 Ma) alors que c'était la forme de vie la plus courante auparavant. L'essentiel de l'oxygène provient à l'origine de leur activité photosynthétique.